در کتاب های تراجم اهل سنت با صراحت از شخصیت علمی و معنوی امام باقر(ع) ستایش و تمجید شده است.

در زمان امام باقر(ع) که خلفای اموی درگیر مشکلات داخلی و انحرافات فکری و اجتماعی و اخلاقی خود و مردم بودند و به ویژه در طول حکومت «عمر بن عبدالعزیز» که نسبتاً فردی لایق بود، امام(ع) توانست «دانشگاه اسلامی مدینه» را پایه ریزی کند. که در زمان امام صادق(ع) به صورت دانشکده هایی در تمام زمینه های علمی، کارآمد شد.

از جمله تربیت یافتگان این مکتب، افرادی مانند: محمد بن مسلم، زراره بن اعین، حمران بن اعین، اَبانِ بن تَغْلِب، جابر بن عبدالله انصاری، عبدالله ابی یعفور، کمیت اسدی، ابوبصیر، هشام بن سالم و برید بن معاویه عجلی بودند.

آنچه از امام محمدباقر(ع) روایت شده، در همه زمینه های علوم اسلامی است؛ اعم از تفسیر و علوم قرآنی، فقه، کلام، اخلاق، تاریخ، سیره و مسائل نظام آفرینش که گاهی برخی از شاگردان آن حضرت آنها را به صورت کتاب مستقلی تدوین کرده اند.

دوران زندگی امام، در تاریخ تفکر از اهمیت به سزایی برخوردار است. از مهم ترین دوران امام باقر(ع) می توان به پیدایش مذاهب کلامی چون مرجئه و معتذله و خوارج، آشنایی مسلمانان با آرای ادیان دیگر، حضور پراکنده پیروان دیگر ادیان در میان مسلمانان، ظهور اختلافات فقهی بر اثر عدم دسترسی فقهای متأخر به سنت نبوی به واسطه ممنوعیت طولانی روایت و کتابت حدیث، انحراف عملی و فکری سران سرزمین اسلامی از تعالیم پیامبر(ص) و توجیه حکومتِ امویان از طریق ارائه ناقص و تحریف شده تعالیم اسلام اشاره کرد.

ازآن جا که عصر امام باقر(علیه السلام)، عصر برخورد اندیشه های اسلامی و غیراسلامی بود، مناظره های زیادی بین دانشمندان ادیان مختلف با امام از سوی حکمرانان بنی امیه سازمان دهی شد که امام(ع) همچون سدی استوار در برابر نفوذ عقاید باطل آنان ایستادگی می نمود و پایگاه های فکری و عقیدتی آنان را در هم می کوبید.

زندگی امام باقر(ع) هم زمان بود با خلافت بنی مروان. به طور کلی بنی امیه، افزون بر احیای سنن جاهلی به دلیل عدم کفایت سیاسی، زمینه انحرافات اجتماعی و فرهنگی و فساد همه جانبه را فراهم کرده بودند. برخی از خلفای آنان مثل هشام بن عبدالملک، مشکلات فراوانی برای فعالیت ائمه فراهم کرده بودند.

به همین دلیل، امام محمدباقر(ع) به شدت تحت فشار بودند؛ تا آنجا که ایشان ناچار شدند با استفاده از تقیه، اهداف فکری و دینی خود و شیعیان را پیش ببرند. با این همه، امام(ع) علیه زورگویان حاکم موضع گیری و شیعیان خود را از همکاری با حکام جز در موارد استثنایی منع می کردند. بنا بر مصالح جامعه، مخالفت با حاکمان و دعوت به عدم همکاری و مبارزه منفی، از موانع روشن و مشخص امام بود.

امام باقر(ع) در بطلان کار خلفای حاکم و عدم مشروعیت کار آنان تأکید داشتند و لزوم برقراری امامت راستین در جامعه اسلامی را برای مردم مطرح می کردند.

در دوران امام باقر(ع) حکام اموی بر اهل بیت سخت گیری می کردند و این سخت گیری به دلیل ادعای امامت و زعامت دینی و سیاسی آنها بود که امویان را غاصب می دانستند. از خلفای اموی تنها عمر بن عبدالعزیز بود که به طور نسبی برخوردی ملایم با اهل بیت داشت.

بنا بر روایتی روزی امام باقر(ع) بر هشام بن عبدالملک وارد شد و به او با عنوان خلیفه و امیرالمؤمنین سلام نکرد. هشام ناراحت شد و پس از سرزنش امام، دستور بازداشت او را صادر کرد. کسانی که در زندان با آن حضرت بودند، تحت تأثیر شخصیت نافذ امام قرار گرفتند. وقتی هشام از این موضوع آگاه شد دستور داد حضرت را به مدینه بازگردانند.

سرانجام آن حضرت در هفتم ذیحجه سال ۱۱۴ هجری قمری در ۵۷ سالگی در مدینه به وسیله هشام مسموم شد و چشم از جهان فروبست و پیکر مقدسش در قبرستان بقیع ـ کنار پدر بزرگوارش ـ مدفون گشت.